Сюжет данной игры делится на 3 сценария, каждый из которых фокусируется на усилиях одного из трёх главных героев - найти Мастера Xehanort. В некоторых моментах пути главных героев будут пересекаться, но большую часть времени каждый из них будет путешествовать в одиночку. Главные герои это Ventus, Terra и Aqua, каждый из которых имеет свой собственный боевой стиль.
Ventus исвестен, как "Ven", его сильнейший аспект это скорость.
Terra специализируется на силе. Он лидер группы и является братом Ventus.
Aquа - единственная женщина в команде, специализирующаяся на магии.